האלרגנים העיקריים בסתיו הם אבקה, קרדית אבק, עובש וכו '.
באזורים רבים הסוגים והכמויות של אבקה אלרגנית גדלים בהדרגה לאחר תחילת הסתיו, ונכנסים לשיא של אלרגיה לאבקה. בנוסף, אלרגני אבקה בסתיו הם בעיקר אבקה עשבים שוטים, שיש להם אלרגניות חזקה יותר.
המקורות העיקריים לאבקה בסתיו כוללים צמחי ארטמיסיה (כמו Artemisia annua), צמחי Chenopodiaceae (כמו ירקות אפורים) וצמחי סמרטוט. ביניהם, אבקה של צמחי ארטמיסיה פעילה במיוחד בסתיו, ויש אנשים שיכולים לחוות תגובות אלרגיות חמורות רק עם כמות קטנה של אבקה של ארטמיסיה.
בנוסף, הלחות והטמפרטורה בסוף הקיץ ובתחילת הסתיו יוצרים תנאים חיוביים לקרדית אבק והם גם מתאימים מאוד לצמיחת עובש. בוקר סתיו טל או גשמים שיוריים, עלים שנפלו וצמחייה מתפוררת יכולים לקדם את צמיחת העובש. כאשר אנשים באים במגע עם או לשאוף נבגי עובש, הם גם מועדים לאלרגיות.
יחד עם זאת, לאחר שהטמפרטורה יורדת בסתיו, מזג האוויר מתייבש וכמות החלקיקים הקטנים כמו אבק באוויר עולה, והופכת לאלרגנים חשובים. הפרש הטמפרטורה הגדול בין יום ללילה בסתיו לגירוי של אוויר קר ברירית האף יכול להוביל להתכווצות כלי דם וירידה בתפקוד המחסום, ולגרום לרגישות.
